สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดยโสธร เริ่มตั้งสำนักงานตั้งแต่วันที่ 6 กุมภาพันธ์ 2555 ถึงวันที่ 7 กันยายน 2559 โดยได้ขอความอนุเคราะห์ใช้อาคาร OTOP CENTER ถนนประปาหน้าศาลากลางจังหวัดยโสธร ซึ่งเป็นทรัพย์สินของเทศบาลเมืองยโสธร เนื่องจากอาคารดังกล่าวมีพื้นที่ 92 ตารางเมตรไม่เพียงพอกับการจัดวางเอกสารและโต๊ะทำงานที่ได้รับ การจัดสรรอัตรากำลังเพิ่มขึ้น ต่อมาจึงได้ขอใช้ประโยชน์ทรัพย์สินขององค์การบริหารส่วนจังหวัดยโสธรซึ่งเป็นอาคารสำนักงานคณะกรรมการการเลือกตั้งประจำจังหวัดยโสธร (เดิม) เป็นที่ตั้งสำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดยโสธร (ปัจจุบัน) ตั้งอยู่ที่หลังที่ว่าการอำเภอเมืองยโสธร จนถึงปัจจุบัน
สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดยโสธร ปัจจุบัน
สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดยโสธร อาคาร OTOP CENTER เดิม